Windowsにはメディアをドライブに入れたり、USBフラッシュディスクを挿したときに自動的にプログラムを選択して開始する機能があります。しかし現在ではこの機能を利用したウイルス感染が広がっています。自動実行機能を無効にすることをお勧めします。Windowsのバージョンによって手順が違いますし、多少複雑のためここでは参考URLを紹介します。
http://www.atmarkit.co.jp/fwin2k/win2ktips/1139autrun/autrun.html
http://support.microsoft.com/kb/967715/